Seine Jugend verbrachte Gerhard Wegner in Scheidegg und Lindenberg. Den ersten Klavierunterricht erhielt er bei Hilde Findeisen in Lindau, einer Meisterschülerin von Walter Gieseking. Das Studium am Münchner Richard-Strauss-Konservatorium (Klavier bei Halina Siedzieniewska-Alberth und Posaune bei Ernst Giehl) schloss er als staatlich geprüfter Klavierpädagoge ab. Danach folgte ein Diplomstudium an der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg. 

Gerhard Wegner arbeitete u. a. an der Musikschule Landau/Isar und der VHS München. Er leitete den Fachbereich Klavier- und Kammermusik an der Musikschule Dingolfing, und  bereitete Schüler am Musischen Gymnasium Marktoberdorf auf das Musikabitur und das Musikstudium vor. 

Die regelmäßige Teilnahme an pädagogischen Veranstaltungen und Meisterkursen gehört ebenso zur Arbeit von Gerhard J. Wegner wie Aufnahmen im Bayerischen Rundfunk sowie die Tätigkeit als CD-Produzent. Schüler von Gerhard Wegner nehmen immer wieder erfolgreich am Wettbewerb „Jugend musiziert“ und an Festivals teil, wie z. B. „Toujours Mozart“ in Wien.